반면 환경단체는 정부가 기업에 공짜로 나눠준 배출권이 너무 많아 제도 실효성을 떨어뜨린다고 목소리를 내고 있다. 우리나라의 배출권 무상 할당 비율은 배출권 거래제 1차 계획 기간(2015~2017년)에는 100%, 2차 때(2018~2020년)는 97%였다. 3차(2021~2025년)는 90%다. 돈을 받고 할당하는 비율이 높으면 산업 경쟁력이 떨어질 거라는 기업 우려를 반영한 결과인데 환경단체들은 '정부가 쓰레기종량제를 실시하면서 공짜로 종량제 봉투를 나눠 준 격'이라고 비판한다. 기업들이 공짜로 받는 배출권이 많아 탄소 배출을 조금만 줄여도 내다 팔 수 있는 배출권이 많고 그래서 가격도 떨어졌다는 말이다. 유럽은 전체 배출권의 57%(발전 업종은 100%)를 유상 할당하고 있다.
환경단체 플랜 1.5의 보고서 '고장 난 배출권거래제 쟁점과 대안'에 따르면 국내 탄소 배출 1위 기업인 포스코는 배출권 거래제를 운영한 6년 동안 2018년을 제외하고 배출권이 부족한 적이 없었고 오히려 배출권 거래 등을 통해 1,100억 원의 이익을 본 것으로 나타났다. 보고서는 "같은 기간(2015~2020년) 발전 공기업들은 배출권이 7,150만 톤 모자랐고 주요 대기업이 판매한 배출권은 5개 발전 공기업이 대부분 산 것으로 추정된다"고 밝혔다. 이어 "산업 부문의 느슨한 무상 배출권 할당 결과는 간접적으로 한전의 전기요금 상승을 가져온 여러 요인 중 하나로 볼 수 있다"고 질타했다.
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